Fox Mulder ha sido abducido. Tras estar tantos años investigando lo referente al campo paranormal; la interacción entre este ámbito y el doctor ya es un hecho. Mientras tanto, Scully sigue a la búsqueda de su desaparecido amigo pero, esta vez, no lo hará sola.
Le acompañarán el líder de una fuerza especial del FBI, John Doggett, y la especialista en rituales criminales, Mónica Reyes. Scully deberá lidiar frente a todas estas complicaciones con los añadidos del inminente nacimiento de su bebé y una amenaza oculta que espera su momento para atacar.
Episodio 1
El Agente Especial John Doggett es asignado como compañero de Scully para ayudarla en sus casos y en la búsqueda de Mulder.
Episodio 2
Cuando la búsqueda de Mulder se intensifica en el desierto de Arizona, Gibson Praise le dice a Scully que se está acercando a su objetivo. Mientras, el Director Adjunto Kersh informa al Agente Doggett de que ha sido asignado como sucesor de Mulder en los Expedientes X.
Episodio 3
Los agentes Scully y Doggett deberán investigar unas extrañas mordeduras que sufren los habitantes de un pequeño pueblo de Ohio.
Episodio 4
Scully se adentra en el mundo de las sectas cuando, tras rechazar la ayuda de Doggett, se desplaza sola a Utah para invetigar una extraña muerte.
Episodio 5
En 1990 un niño desapareción del patio de su colegio. Diez años después parece haber regresado a casa por fin, pero el problema es que está exactamente igual que el día que desapareció: no ha crecido.
Episodio 6
Un abogado despierta en prisión a muy poco tiempo de ser ejecutado como sentencia por el asesinato de su esposa. Aunque no recuerda nada, el tiempo empieza a retroceder para él dándole la oportunidad de enmendar sus acciones.
Episodio 7
Trabajando sin ayuda de Scully, Doggett y Skinner investigan los misteriosos asesinatos de un líder cultista, para descubrir que tiene la capacidad de entrar en la mente de las personas que conoce para matarlas mientras duermen.
Episodio 8
Un agente estatal es asesinado dentro de una celda por un disparo a través del techo. Las pistas conducen a Scully y Doggett a dos exterminadores de insectos.
Episodio 9
Un hombre cuya sangre se está convirtiendo en metal a causa de un experimento decide vengarse de los culpables de su extraña enfermedad.
Episodio 10
Un Indio cuyo hijo murió en un accidente en una planta química viaja a los Estados Unidos para vengarse.
Episodio 11
Doggett descubre un antiguo caso que Mulder le ocultó a Scully y continúa su investigación, confiando poder encontrar alguna conexión con la desaparición de Mulder.
Episodio 12
Scully y Doggett deben luchar contra reloj para encontrar y erradicar una enfermedad contagiosa de los túneles del metro de Boston.
Episodio 13
Un hombre se contacta con Scully y Doggett para decirles que su esposa fue asesinada después de dar a luz a un bebé alienígena. Scully comienza a investigar sobre la fertilización extraterrestre en humanos y llega a cuestionarse la naturaleza de su propio embarazo.
Episodio 14
Tras el paso de un misterioso OVNI, Teresa Hoese aparece al borde de la muerte. Su inexplicable estado y su posterior desaparición del hospital llevan a Scully, Doggett y Skinner a investigar a un hombre, Absalom, quien cree que la invasión a manos de seres extraterrestres es inminente.
Episodio 15
Tres meses después del funeral de Mulder, un barco pesquero encuentra el cuerpo de Billy Miles. Pero un descubrimiento increíble llevará a Doggett a levantarse temprano para ir junto a Skinner al lugar que menos imagina, a hacer algo todavía más increíble.
Episodio 16
El FBI no acepta la petición de Mulder de ser reasignado a los Expedientes X, e incluso sugieren que tal vez debería dejar la agencia. Por otro lado, un asesinato en la Casa Blanca hace que Mulder comience a investigar.
Episodio 17
Mulder y Scully están pasando una agradable velada cuando ella sufre un desmayo. En el hospital, el agente no podrá acompañar a su amiga porque sólo pueden pasar los familiares, pero se encontrará con Doggett, que está preocupado por su compañera.
Episodio 18
Doggett es enviado a una plataforma petrolera para investigar la muerte de un trabajador mexicano, pero Mulder cree que lo que ocurrió fue culpa de la exposición al oro negro.
Episodio 19
Comienza la baja por embarazo de Scully y Doggett tiene una nueva y poco experimentada compañera llamada Leyla Harrison. El entusiasmo incial de la joven desaparecerá cuando se enfrente a su primer caso y Mulder y Scully tendrán que acudir en su ayuda.
Episodio 20
Mulder y Doggett investiga el incendio de un laboratorio de genética donde fue asesiando uno de los doctores que investigaba la fertilización alienígena. Allí encuentran a Billy Miles, que ha sido cambiado por una réplica tras ser abducido y trata de hacer desaparecer las pruebas. Cuando descubren que una mujer que ayuda Scully forma parte de la conspiración, los agentes, con Monica Reyes y Alex Krycek, se ocupan de proteger Scully y a su bebé.
Episodio 21
Mulder, Doggett y Skinner tratan de poner al descubierto la conspiración que los replicantes ocultan tras la fachada del FBI mientras Reyes y Scully se ocultan en una granja donde la agente dará a luz a su bebé.