Temporada 1

Angela regresa de su primera misión de combate con el miedo presente en sus ojos. Quiere dimitir pero todos la consideran un héroe. Su comandante derribó a dos atacantes pero el ejército le acredita el éxito a ella. La prensa está ansiosa por entrevistar a la nueva heroína de las fuerzas aéreas pero durante la noche, Angela, es asesinada.

El caso del asesinato de la Teniente Angela Arutti se complica por momentos. Harm y Kate, los abogados de la marina deben quedarse en el portaviones que ha pasado a estar en alerta de combate.

Un trabajador civil subcontratado por la marina en un submarino nuclear se hace con el control de un peligroso torpedo. Su intención es usarlo si el gobierno no paga cuarenta millones de dólares. Rabb y Austin, los abogados del J.A.G., son enviados a negociar con él. Deben persuadirle y desactivar el torpedo.

Durante unas maniobras militares un error en la planificación de las mismas provoca bajas por fuego amigo. Los tenientes Rabb y Austin son asignados a la investigación del desgraciado accidente y se encuentran con un problema. El responsable no parece otro que Jay Williams, el hijo de un importante general del ejército.

Harm y Meg investigan la muerte de un oficial naval del cementerio de Arlington. No es el primer caso que se produce, en los últimos meses varios oficiales han corrido la misma suerte. Las pistas e indicios llevan a los oficiales del J.A.G. a la embajada francesa, allí encuentran un rastro que puede incriminar en los crímenes al embajador de Tailandia.

Durante un test de vuelo el Teniente Pendry estrella inesperadamente su Tomcat contra el suelo. Harm y Megan reciben la orden de investigar el caso y averiguar si el accidente se debió a un error del piloto o a un fallo mecánico del cazabombadero. La base aérea opina que Pendry era un piloto muy arriesgado pero Harm cree que sabía lo que hacía.

Parr, un marine, dispara a un intruso dentro de la Embajada de EEUU en Lima , creyendo que el otro le disparó primero, resultando muerto. Los abogados del J.A.G Harm y Meg deberán entonces descubrir si fue algo casual o si el intruso en realidad pretendía asesinar al embajador de los Estados Unidos en Peru.

El Teniente Harm y su compañera Meg deben investigar el robo de unos misisles en la Base Naval de Seatac . Mientras, unos presos se escapan de la prisión miltar. Los abogados de la marina creen que todo forma parte de la misma conspiración, deben desabaratar el plan de los traidores antes de que los misiles lleguen al mercado.

Ednar y Anderson cruzan por equivocación la frontera Iraquí. Cuando tratan de salir de allí uan patrulla les dispara, matan a Ednar y hacen prisionero a Anderson. El gobierno Iraquí entonces invita al de los EEUU a mandar unos abogados para defender a este marine que está acusado de espionaje y pendiente de una pena de muerte. Harm y Meg son asignados al caso.

La Teniente Megan Austin se encuentra inmersa en una misión encubierta. De incógnito, y haciéndose pasar por una joven recluta, debe poder investigar la misteriosa muerte de una civil en un campo de entrenamiento de los marines del ejército de los Estados Unidos.

Harm y Meg tienen una nueva misión. El J.A.G les asigna la investigación de la extraña desaparición de una chica en un antiguo aeropuerto naval abandonado. Es un caso complicado, difícil de explicar y controvertido para la marina y el gobierno americano. Algunos testigos aseguran que a la mujer la abducieron los extraterrestres.

Los Tenientes Harmon Rabb y Meg Austin investigan la muerte de un marine encontrado en una playa durante una simulación de un desembarco de ataque. Lo que en principio parece tener algo que ver con la aplicación de un código rojo, puede estar conectado con una trama de narcotráfico dentro del ejército.

Harmon Rabb recibe al fin el premio a su carrera y es ascendido en el JAG. Su primer caso como comandante es defender ante una corte marcial al capitán "Cag", acusado de derribar un helicóptero serbio por pura venganza. Sus actos podrían ser considerados un acto de guerra y suponer el inicio de nuevas hostilidades en la zona.

Un cazabombardero Tomcat es descubierto sobrevolando Cuba y obligado a tomar tierra en la isla. El JAG, no podía ser de otra manera, encomienda la defensa del piloto al Comandante Harm Rabb y a Meg. Juntos deberán visitar Cuba junto con el Subsecretario de Estado, para intentar recuperar piltoto y al aparato.

Los abogados del JAG Harm y Meg se ven envueltos en una complicada trama política cuando un documento secreto es enciado por error al fax de la Teniente Austin. Todo parece indicar que se trata de una operación tde alto secreto que implica al líder ruso Boris Yeltsin y a otra persona cuya firma no pueden indentificar.

Uno de los instructores del Campamento de Quántico debe ser transferido a Bosnia, pero un desacuerdo de mandos paraliza esta orden. El afectado, Crockett, decide tomar cartas en el asunto, poniendo patas arriba todo el cuerpo.

Harm tiene que investigar una supuesta muerte por negligencia de un marine de los Navy Seals, hijo de un senador estadounidense.

Harm lleva el caso de lucha por una custodia en un divorcio de un marine, que se ve afectado por el pasado del militar en la guerra de Vietnam.

Harm y Meg investigan un caso de sabotage en una nave espacial.

Harm es capturado por militares chinos durante un viaje cerca de Hong Kong. Mientras Harm es sometido a duros interrogatorios, Krennick y Austin intentarán negociar su liberación, así como el asilo de un militar chino.

Harm vuelve a estar envuelto en un nuevo conflicto, esta vez entre EEUU y Corea del Norte, cuando durante las pruebas de un nuevo sistema de defensa este empieza a funcionar mal.

Una antigua amiga y compañera de promoción de Harm es encontrada muerta. Cuando el principal sospechoso de su asesinato también aparece muerto, Harm se convierte en el objetivo de los investigadores.