En la temporada 6, Corin Nemec se une al reparto de la épica "Stargate SG-1" mientras el coronel Jack O'Neill y su equipo SG-1, Teal'c y la capitana Samantha Carter, exploran los misterios de la puerta estelar y se enfrentan a los temibles Goa'uld.
Episodio 1
Mientras el SG-1 busca un nuevo miembro para el equipo, Anubis ataca el Stargate del SGC con un arma que lo sobrecargará hasta que explote y destruya el planeta.
Episodio 2
Actuando a contrarreloj, en el Comando Stargate buscan un plan para evitar que el Stargate destruya la Tierra, mientras Teal’c encuentra la ubicación del mundo desde donde Anubis ataca.
Episodio 3
Una nave Ha’tak Goa’uld es detectada cerca de la Tierra misteriosamente abandonada, y un equipo liderado por el SG-1 es enviado a revisarla.
Episodio 4
El SG-1 va a visitar al equipo Antártico que investiga el lugar donde fue hallado el segundo Stargate, ya que estos acaban de descubrir a una Antigua congelada. Sin embargo, pronto todos en la base empiezan a sufrir los efectos de un desconocido y letal virus.
Episodio 5
Los habitantes de un pequeño pueblo estadounidense se han estado comportando extrañamente, sobre todo durante las noches. El SG-1 acude a investigar.
Episodio 6
O’Neill es capturado por Ba’al, quien lo mata y revive con un sarcófago una y otra vez. Sin embargo, mientras se halla en su celda, Jack recibe la visita de un viejo amigo que le ofrece una opción para salvare.
Episodio 7
Los Kelownans contactan con el SGC, ofreciendo un intercambio de Naquadriah por tecnologías avanzadas. En tanto, un viejo profesor de Jonas le pide que ayude a una secreta resistencia multinacional que pretende prevenir la guerra que se avecina.
Episodio 8
El Dr. Felger es un gran fan del SG-1, y durante una misión en la que el equipo es capturado, dependerá de él rescatarlos.
Episodio 9
Rebeldes Jaffa, miembros Tok’ra y personal del SGC son forzados a compartir temporalmente el Sitio Alfa de la Tierra, cuando los Tok’ra huyen de un ataque. Sin embargo, sospechas entre la Tok’ra y los Jaffa pronto empiezan a generarse cuando una serie de muertes ocurren.
Episodio 10
El SG-1 acude a negociar con un mundo amistoso que ofrece una droga llamada “Tretonina”, a cambio de direcciones del Stargate. Sin embargo, cuando ellos piden direcciones a mundos Goa’uld, el equipo sospecha y decide investigar.
Episodio 11
Una reportera obtiene información acerca de un proyecto ultra-secreto llamado "Prometheus" y lo quiere hacer público, pero el SGC logra llegar a un acuerdo, que incluye una visita al proyecto mismo. Sin embargo, durante el recorrido la nave Prometheus se verá en medio de una inesperada y difícil situación.
Episodio 12
El SG-1 se encuentra con los Asgard, quienes dicen que necesitan su ayuda y la del Prometheus para lograr activar una trampa dejada a los Replicantes.
Episodio 13
El SG-1 descubre en un planeta desértico un dispositivo Antiguo de algún tipo. Sin embargo, cuando lo traen a la Tierra para estudiarlo, la gente comienza a tener inexplicables alucinaciones.
Episodio 14
El Senador Kinsey recibe un disparo, y todas las evidencias parecen apuntar al Coronel O’Neill como responsable.
Episodio 15
Harry Maybourne ofrece su ayuda al SGC para encontrar un alijo de armas alienígenas avanzadas. Sin embargo, él no les dice todo lo que sabe.
Episodio 16
Un equipo ruso descubre un mundo donde Nirrti está experimentando con nativos humanos para crear el “perfecto anfitrión”.
Episodio 17
Embajadores de China, Gran Bretaña y Francia son citados al Pentágono, donde estadounidenses y rusos les revelan la existencia de un proyecto ultra-secreto que ha está operando durante los últimos seis años bajo el Complejo de la Montaña Cheyenne: El Programa Stargate.
Episodio 18
El SG-1 encuentra un nave estrellada, cuya tripulación ha estado luchando contra alienígenas hostiles desde que cayeron... o al menos eso dicen ellos.
Episodio 19
De un momento a otro, Teal’c se halla viviendo en diferentes “realidades”, sin poder distinguir a cuál pertenece de verdad. Sólo con la ayuda de un viejo amigo podrá resolver esta confusión.
Episodio 20
Durante el primer vuelo oficial del Prometheus, su reactor se sobrecarga, quedando imposibilitado para volver a la Tierra. El SG-1 deberá encontrar el Stargate enterrado en un mundo extraterrestre para poder arreglar la nave.
Episodio 21
El SG-1 planea liberar un mundo sometido a un Goa’uld sirviente de Ba'al, pero las cosas se complican cuando Jonas dice experimentar visiones sobre cómo son asesinados.
Episodio 22
Daniel Jackson avisa a Jack O’Neill que Anubis va camino de Abydos para conseguir el “Ojo de Ra”, un arma de gran poder, por lo que el SG-1 debe encontrar el artefacto antes que Anubis. Sin embargo, cuando éste amenaza con destruir Abydos, Daniel como ascendido deberá hacerle frente.